تتجلى أهداف مركز البحوث الشرعية في الآتي :

1- ربط البحث العلمي بأهداف الجامعة وخطط التنمية في المملكة العربية السعودية.

2- التأكيد على الأصول العلمية للبحث وتوجيهه توجيهاً إسلامياً والحرص على إعداد جيل من الباحثين المتمكنين من البحث العلمي الرصين.

3- سد الثغرات الموجودة في المكتبة الإسلامية عن طريق معالجة القضايا العصرية والبحث عن الموضوعات المهمة.

4- العناية بالبحث العلمي الجماعي عن طريق تكوين وحدات علمية أو لجان متخصصة تشترك في إعداد بحوث تنفذ حسب جدول زمني مدروس ، عبر تعاون علمي من قبل أساتذة متخصصين داخل الجامعة وخارجها.

5- البعد عن الازدواجية والتكرار والمحاولة الجادة للإفادة من الدراسات والأبحاث السابقة لأن العبرة بالإضافة العلمية المتميزة.

6- المتابعة الجادة لحركة البحث العلمي في العالم الإسلامي ومراكز الدراسات الإسلامية في العالم للتعرف على ما لديها من خطط وبرامج تفيد قضايا البحث العلمي في الجامعة.

7- اقتراح السياسات ووضع الخطط وتحديد الأولويات في هذا الميدان.

8- تقديم خدمات المعلومات الموثقة لمراكز البحوث، والباحثين، ولمن يستفيد من المعلومات، سواء كان ذلك بطريقة مباشرة أو غير مباشرة، وسواء تم ذلك بالطريقة العادية أو بالطرق المستحدثة كشبكات الاتصالات المحلية والعالمية.

9- التعاون مع مراكز البحوث والدراسات المشابهة.

10- حث حركة البحث العلمي وتشجيعها، وتقديم المساعدات المختلفة لأعضاء هيئة التدريس والباحثين.

11- تقديم الاستشارات العلمية في المجالات التي تدخل في اهتمامات المركز المختلفة.

12- ربط المشاريع البحثية في الكلية بحاجات المجتمع.

13- جمع التراث العربي والإسلامي والعناية به وفهرسته وتحقيقه وتيسيره للباحثين.

14- الارتقاء بمستوى التعليم الجامعي والدراسات العليا.